Tedavi için gittiği Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde 3 Temmuz'da gözaltı işlemi uygulanan Ege Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Mustafa Cüneyt Hoşcoşkun, yaklaşık 2 hafta tedavi gördü.
Emniyetteki işlemlerinin tamamlanmasının ardından adliyeye sevk edilen Hoşcoşkun, cumhuriyet savcısın tarafından sorgulandı. Cumhuriyet savcısı, Hoşcoşkun'u, anlatımlarının etkin pişmanlık kapsamında yeterli görülmemesi ve 2017 yılından bu yana firari olmasından dolayı tutuklanması talebiyle sulh ceza hakimliğine sevk etti.
Hakimlik tarafından yeniden ifadesi alınna Hoşcoşkun'un "FETÖ silahlı terör örgütü üyeliği" suçundan tutuklanmasına karar verildi.
Yükseköğretim Kurulunca 28 Şubat 2017'de Ege Üniversitesi'ndeki rektörlük görevinden açığa alınan ve 25 Ağustos'taki Kanun Hükmünde Kararname ile meslekten ihraç edilen Hoşcoşkun hakkında, 11 Eylül 2017'de FETÖ soruşturması kapsamında yakalama kararı çıkarılmıştı.